銀杏樹為落葉大喬木，胸徑可達4米 ，幼樹樹皮近平滑，淺灰色，大樹之皮灰褐色，不規則縱裂，有長枝與生長緩慢的距狀短枝。葉互生，在長枝上輻射狀散生，在短枝上3～5枚成簇生狀，有細長的葉柄，扇形，兩面淡綠色，在寬闊的頂緣多少具缺刻或2裂，寬5～8（～15）厘米，具多數叉狀并歹帕細脈。
雌雄異株，稀同株，球花單生于短枝的葉腋；雄球花成葇荑花序狀，雄蕊多數，各有2花藥；雌球花有長梗，梗端常分兩叉（稀3～5叉），叉端生1具有盤狀珠托的胚珠，常1個胚珠發育成發育種子。
種子核果狀，具長梗，下垂，橢圓形、長圓狀倒卵形、卵圓形或近球形，長2.5～3.5厘米，直徑1.5～2厘米；假種皮肉質，被白粉，成熟時淡黃色或橙黃色；種皮骨質，白色，常具2（稀3）縱棱；內種皮膜質。
