植物的存在可以降低水流速度，這為懸浮物的沉淀創造了良好的條件；浮床植物發達的根系可以形成密集的過濾層，當水流過時，不溶性的膠體就會被根系吸附而沉降下來。同時，附著在根系的菌體在內源呼吸階段發生凝集，凝集的菌膠團可以把懸浮物和代謝產物沉降下來。

植物可以通過根系向水中輸氧，從而構建起不同氧氣含量的“根際區”。不同的微生物分別在適宜的根際區大量繁殖，降解水中的各種污染物質，并通過對有機污染物的礦化作用為植物提供生長所需的無機養料。